新的总体规划以发展生物多样性为原则，在现有的南亚热带珍稀植物迁地保存、热带亚热带裸子植物迁地保存中心以及具世界一流水平的苏铁植物迁地保存中心的基础上，增加了恢复深圳地带性植被保育保护区、深圳地区垂直生态植被景观示范区和水源景观生态保护林区等区域，通过对深圳两大山——梧桐山和羊台山植被调查分析，开辟了一条反映深圳地区垂直生态植被景观的游览线，根据不同海拔高度设置不同的植物群落，使人工群落和自然群落自然掩替。新的总体规划将对植物园的未来产生可预见的影响，并力图用十年时间将其发展为“世界名园”。

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